察隅縣全縣平均海拔2800米,縣城所在地在竹瓦根鎮吉公村海拔2360米,海拔最高處是察瓦龍鄉與雲南省德慶縣交界的怒山山脈的梅裡雪山,海拔6740米;最低在察隅河下遊下察隅前門裡(印占區),海拔僅600米。西北部是崗日嘎布山脈,北部是伯舒拉嶺,西部有祁靈公山等。
察隅縣屬橫斷山脈西段地帶的藏東南高山峽谷區。全縣地勢總的趨勢是由西北向東南傾斜,西北高東南低,相對高度差達3600米,垂直高差懸珠。是典型的高山峽谷和山地河谷地貌。谷地海拔南部邊緣隻有1400米,而5000米以上的山峰有10多座,最高峰為6740米的梅裡雪山。