1、應用領域不同：一水檸檬酸主要用于食品、飲料行業，作為酸味劑、調味劑及防腐劑、保鮮劑。還在化工行業、化妝品行業及洗滌行業中用作抗氧化劑、增塑劑、洗滌劑。而無水檸檬酸主要用于食品、飲料行業作為酸味劑、酸度調節劑、調味劑及防腐劑、保鮮劑。無水檸檬酸在國民經濟中有廣泛應用，許多工業部門都需要無水檸檬酸。使用無水檸檬酸最多的部門是化學藥品的制造，其次是造紙、煉鋁、煉鎢、人造絲、人造棉和肥皂制造業。另外，在生産染料、塑料、藥劑及有機中間體，舊橡膠的再生，制金屬鈉、水的電解以及無機鹽生産中，制取硼砂、鉻鹽、錳酸鹽、磷酸鹽等，也要使用大量的無水檸檬酸。同時無水檸檬酸是生産聚碳酸酯、超級吸收質聚合物、沸石、環氧樹脂、磷酸鈉、亞硫酸鈉和大量鈉鹽的重要原材料之一。
2、化學性質不同：一水檸檬酸遇明火、高熱或與氧化劑接觸，有引起燃燒爆炸的危險，而無水檸檬酸在幹燥空氣中有風化性，在潮濕空氣中有潮解性，175℃以上分解放出水及二氧化碳。
3、分子量不同：一水檸檬酸的分子量為581，而無水檸檬酸的分子量為420。
4、物理性質不同：一水檸檬酸的相對密度為1.542，熔點153℃，折射率 1.493~1.509，溶液結晶臨界溫度36.6℃。而無水檸檬酸性質：密度1.54，熔點135-152℃，閃點173.9℃，水溶性1630 g/L 。
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