努爾哈赤的死因，史學界一直衆說紛纭，而争論的焦點主要集中在，他是被袁崇煥的炮火所傷，郁憤而死，還是因為身患毒疽，不治身亡。
病死說：
出自《清史稿》，據記載，在天命十一年七秋七月“上不豫”，至“八月丙午，上大漸，乘舟回。庚戌，至愛雞堡，上崩”。
重傷緻死：
出自朝鮮人李星齡所著的《春坡堂日月錄》，朝鮮譯官韓瑗随使團來明時，碰巧與袁崇煥相見，甯遠之戰時曾把他帶在身邊，于是韓瑗得以親眼目擊這次戰役的全過程。甯遠戰事結束後，袁崇煥曾派遣使臣帶着禮物前往後金營寨向努爾哈赤“緻歉”，說“老将橫行天下久矣，今日見敗于小子，豈其數耶！”。努爾哈赤“先已重傷”，這時備好禮物和名馬回謝，請求約定再戰的日期，最後終于“因懑恚而斃”。
這條史料明确記載努爾哈赤是在甯遠之戰中受了“重傷”，并由于甯遠兵敗，精神上也受到很大的創傷，整日悒悒不自得。在肉體和精神受到雙重創傷的情況下，這位沙場老将終于郁郁而終。
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