鼻咽拭子和口咽拭子隻是取樣的路徑不一樣，經口取樣是口咽拭子，經鼻取樣為鼻咽拭子。但由于口咽拭子張口就能進行操作，相對簡單，因此臨床上比較常用，但取樣者暴露的風險更高。為何選擇進行鼻咽拭子培訓，而非口咽拭子培訓，雖然經口取樣的口咽拭子最為常用，但這一操作也是一個高風險操作，操作者往往需要正對患者口腔，采集過程中患者容易出現刺激性幹咳、嘔吐等症狀使采集者暴露在帶病毒的氣溶膠中。鼻咽拭子相對口咽拭子有以下幾個優點：
1、可以在咽部停留較長的時間，以便獲得更足量的标本，這也是文獻報道其陽性率高于口咽拭子的原因。
2、患者耐受性好，熟練操作後基本可以在不麻醉的情況下取樣，但初學時可先進行鼻腔粘膜的表面麻醉和收縮。
3、取樣者的暴露風險相對口咽拭子更低，因為取樣時我們取樣者是可以站在患者側後方操作，且要求患者下拉口罩僅露出鼻孔，遮住口腔，不需直視患者口腔,而且基本不出現咽反射，少許患者取樣後可能出現噴嚏反射，患者可用手肘或紙巾遮擋，且因為取樣者不在患者正前方，暴露風險相當更低，這樣取樣者的心理壓力也不會那麼大。
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