國内新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）的肆虐，已引發了大範圍的隔離。同一個天空下，美國自去年九月以來，飽受流感病毒（H1N1）的折磨，到目前為止，已有超過2200萬感染，1.2萬人死亡。上周，美國南部的一家賭場還爆發了諾如病毒（Norovirus）感染，導緻至少200人患病。尼日利亞也在不久前爆發了不明傳染病，最早發現的4名患者在48小時後已死亡，但好在排除了恐怖的埃博拉病毒（EboV）的可能.....

　　其實病毒是僅由核酸（DNA或RNA）和蛋白質外殼構成的一種非細胞生命形态，但其威力卻讓自诩地球上最高級生物的人類避之不及，談之色變。

　　曾在《Science》上發表的一項研究表明，在人類中傳播的263種已知病毒隻占所有潛在病毒的0.1%，而那些未知病毒是有可能傳染人類的。也就是說，科學們長久以來不斷探索發現的病毒，也隻不過是全部病毒的冰山一角。

　　近日，發表在生物預印本服務器bioRxiv上的一項研究中，科學家們又發現了一種神秘的病毒，其基因組對科學界來說幾乎是全新的，它由以前從未在病毒研究中記錄的陌生基因組成。

　　由巴西米納斯吉拉斯聯邦大學病毒學家Jônatas Abrahão領導的研究團隊在巴西東南部城市Belo Horizonte的一個人工湖中發現了該病毒。這個所謂的Yara病毒（Yaravirus brasiliensis）是以巴西神話中的河流精靈Yara的名字命名的。

　　圖片來源：bioRxiv

　　雖然Yara病毒并不是什麼超自然的存在，但是該病毒的确是和傳說中的河流精靈一樣神秘。

　　研究團隊解釋說，該病毒構成了起源和功能都非常令人困惑的一種新型感染變形蟲的病毒。

　　兩年前，法國Aix-Marseille大學的病毒學家Bernard La Scola和Abrahão發現了另一種在水上生活的新型病毒——Tupan病毒，這是一種在極端水域栖息地中發現的巨病毒。

　　相比于普通病毒，巨病毒因其巨大的衣殼（包裹病毒粒子的蛋白質殼）而得名。

　　這些更大的病毒在本世紀才被發現，但它們不僅因其大小引人注目，而且還具有更複雜的基因組，使其具有合成蛋白質的能力，因此可以進行DNA修複、複制和轉錄等操作。

　　在它們被發現之前，人們認為病毒不能做這些事情，因為它們被認為是相對惰性的非生命體，隻能感染其宿主。

　　現在，我們知道病毒比以前認為的要複雜得多，并且近年來，科學家們發現了其他類型的病毒形式，也同樣挑戰了我們對病毒傳播及其行為的認知。就像這次的新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）。

　　在巴西新發現的Yara病毒并不是巨病毒，它是二十面體，直徑約為80納米，純化病毒顆粒的低溫電子顯微鏡圖像表明雅拉病毒具有兩個衣殼。感染開始時，雅拉病毒附着在變形蟲（阿米巴原蟲）質膜的外部，宿主細胞将雅拉病毒内吞到囊泡中，在感染的後期，包含雅拉病毒的囊泡占據細胞核周圍的區域，并将其取代，再招募線粒體提供能量，病毒工廠由此産生。

　　圖片來源：bioRxiv

　　大多數已知的變形蟲病毒都具有許多共同的特征，這些特征最終促使研究人員将它們歸入共同的進化組。

　　與在其他分離的變形蟲病毒中觀察到的不同，Yara病毒并不以大顆粒和複雜的基因組為特征。研究團隊在對它的基因組進行測序後，發現它的所有基因中沒有任何一個與之前發現的基因相匹配。90％以上的Yara病毒基因從未被描述過，這些基因構成了所謂的孤兒基因（又名ORFan）。

　　新發現病毒的中隻有六個基因與公共科學數據庫中記載的已知病毒基因非常相似，并且通過對超過8500個可公開獲取的元基因組的搜索沒有提供關于Yara病毒可能與某種病毒密切相關的線索，證明了其在環境中的稀有性。

　　圖片來源：bioRxiv

　　研究人員解釋說：“使用标準方法，我們的第一次遺傳分析無法在Yara病毒中發現任何可識别的衣殼或其他經典病毒的基因序列。按照目前用于病毒檢測的宏基因組學方法，Yara病毒甚至都不會被認為是病毒。”

　　至于Yara病毒到底是什麼，科學家們暫時隻能推測，但他們認為它可能是第一種孤立的未知變形蟲病毒，或者可能是一種久遠的巨病毒，已通過某種方式進化成一種簡化版的形式。

　　研究人員說：“無論怎樣，很顯然我們仍有很多東西要學習。”

　　作者們總結道：“構成Yara病毒顆粒未知蛋白質的數量反映了病毒世界中存在的變異性，以及有多少潛在新病毒基因組尚待發現。”

　　參考文獻：

　　1. A mysterious 80 nm amoeba virus with a near-complete “ORFan genome” challenges the classification of DNA viruses

　　DOI: htt