佛曰：受身無間者永遠不死，壽長乃無間地獄中之大劫

　　“無間”意指“無間地獄”。電影的第一部運用正序的時間線講述警察和黑社會安插在彼此組織裡卧底成長的故事。安插在警察裡的卧底有劉德華扮演的劉建明，通過曾志偉扮演的韓琛給他的消息，幫助他成功的成為了一個長官，接觸到警察内部更高的管理層并得到了更為重要的信息傳遞給了韓琛。

　　 安插在韓琛身邊的卧底警察是梁朝偉扮演的陳永仁，是韓琛的得力助手。他把黑社會内部重要的信息傳遞給他的上司由黃秋生扮演的黃志偉。

　　在一次黃秋生和陳永仁在交換信息的時候，黃秋生被黑社會殺害，在這個世界上沒有人知道陳永仁是警察，在一次調查中劉建明通過手機黃秋生的手機聯系上了陳永仁，得知他就是安插在韓琛身邊的卧底。

　　本來劉建明和陳永仁兩個本來沒有交集的人，陳永仁根本不知道劉建明其實就是安插在警察内部的卧底，陳永仁在一次跟随卧底的時候失敗了，雖然兩人沒有碰面但是陳永仁記得劉建明的一個微動作，在之後發現劉建明的辦公桌上文件袋就是韓琛給劉建明調查卧底的文件袋，陳永仁更加肯定劉建明就是安插在警察局的卧底。

　　天台的會面一句“對不起，我是警察”是兩人的矛盾激化，劉建明原本計劃幫助陳永仁恢複身份并要求他保守自己的秘密，知道秘密的韓琛已經被劉建明殺害了，劉建明計劃失敗。突然另外一名警察中的卧底打破了僵局，也在進電梯的時候把陳永仁給殺害了，這是劉建明不想發生的。劉建明開槍殺害了那個卧底并把一切嫁禍給了他。

　　 最後在陳永仁死後，從他的遺物中發現的資料證明了他是一個警察，劉建明幫他恢複了警察的身份，這也許就是他對自己的救贖。

　　如果以他們當卧底的生涯為時間線，第一部應該講述的就是他們生涯中的巅峰時刻以陳永仁的死為結束，第二部應該講述的是他們被選做成卧底的初期，剛剛進入卧底的角色。劉建明是對韓琛女人的劉嘉玲扮演的mary深深的愛慕，但是mary對此無動于衷，還是自始至終都愛着韓琛。第二部講述他們兩卧底的部分并不多，主要講述黑社會倪家倪永孝的父親被殺害，倪永孝一步一步鞏固自己的地位并為父親報仇，追殺仇人mary、韓琛等，反而被韓琛殺了全家的反轉。最後韓琛成了最後的赢家。在香港回歸的大背景下，黃志陳和韓琛的朋友關系破裂，這部就落幕了。第二部應該是第一部的前部分。

　　三部當中，第三部是時間最為交錯的。由于陳永仁在一次打架鬥毆之後，黃秋生發現他越來有暴力傾向，給他安排了心理醫生由陳慧琳飾演的李心兒給陳永仁治療，她就如同一道光一樣照亮了陳永仁灰暗的生活，在漸漸的相處中兩人暗生情愫。交叉回到了陳永仁死後的十個月後，劉建明被警察局安排到了閑置的職位上，他繼續的調查除了自己以外的卧底，害怕别人知道自己的身份，漸漸迷失了自己一步一步走向深淵。

　　劉建明也許是偷了心理醫生的電腦觀看陳永仁病例的原因，精神開始恍惚有了陳永仁的意識，兩端意識不停的穿插着。劉建明懷疑保安部的長官由黎明飾演的楊錦榮是安排在警察局中的另外一個卧底，他發現了另外一位就是和韓琛在内地有接觸的商人由陳道明扮演的沈澄。這個商人沈澄和楊錦榮有了交集，讓劉建明更加肯定自己的懷疑是正确的。但是在一次韓琛派陳永仁和沈澄交易的時候沒有貨導緻兩方開火，最後當楊錦榮出現他們三人聚在一起的時候，知道了真相原來他們三個都是警察。

　　時間線從陳永仁死前和死後不停的前後穿插，最終故事的高潮在陳建明揭發楊錦榮時結束，而播放的是自己幫韓琛調查内奸時的錄音，事情敗露了劉建明的情緒失控打死了楊錦榮，在最後也自殺給了自己一槍。“我也是好人，為什麼不給我一次機會。”劉健明反複的說，這就是對自己的救贖，隻是他已經被黑暗吞噬了。

　　 整個三部的最終大結局，劉建明因為失去了意識坐在了輪椅上度過餘下的一生，結尾回到了他們初次相遇的時間，那家音響店裡，放上了那個熟悉的音樂······

　　佛曰:“受身無間者永遠不死，壽長乃無間地獄中之大劫”。兩位男主劉建明和陳永仁無疑生活在地獄中永不輪回：一步錯，步步錯。最後的結局對于劉建明也許是最好的安排了，如果他還記得自己的過去那将是多麼痛苦，隻記得那最美好的情愫就好了。

　　男主他們的名字就像他們一生一樣，陳永仁即使生活在惡劣的環境中還是保持着仁義，最後說了那句“對不起，我是警察”，沒有在任何誘惑面前屈服。劉建明就如他女朋友說的那樣“我不知道你到底是好人還是壞人”，漸漸的明白了他自己就是想做個好人。

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