睾丸發育不良或者是睾丸發育異常目前來說是沒有好辦法可以治療的。如果說精子質量沒有受到影響則可以通過試管嬰兒的方式生育。睾丸發育不良屬于先天性疾病，有的甚至使得男性完全喪失生育能力。少數人也可有性功能的存在。如果是睾丸體積以及小于6立方厘米，則性能力也可受到影響。
睾丸發育不良可以是多睾症，是一種極為罕見的先天性異常。多睾畸形大部分是在無意中發現陰囊或腹股溝處有一包塊或因睾丸扭轉就診時被發現，多餘的睾丸極少能正常發育，長期異位存在并萎縮的睾丸尚有惡變的可能。
睾丸發育不良可以是無睾症，即男人沒有睾丸，這種情況十分罕見，單側無睾多發生于右側，并且常伴有對側隐睾，雙側無睾常導緻性别的異常，一般性功能也會明顯缺乏，病因可能是在胚胎時期睾丸被毒素抑制，或繼發于血管的閉塞或外傷引起睾丸萎縮。
睾丸發育不良還可以是在胚胎時期由于血液供應障礙或在睾丸下降時發生精索扭轉，均可引起睾丸發育不全，在性幼稚及有垂體功能減退時，也可發生睾丸發育不全。
睾丸發育不良的疾病當中隐睾症可做治療。在病人出生後上個月左右時刻采用促黃體生成激素釋放激素抑制劑進行鼻部噴霧給藥的方式加以治療，或者是使用絨毛膜促性腺激素肌肉注射的方式加以治療。還可通過睾丸下降固定手術做治療。
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