《史記》說，方士诽謗秦始皇，諸生在鹹陽者妖言惑衆，始皇坑犯禁者四百六十餘人。

方士，即方術士，是研究天文、醫學、神仙術、占蔔、相術等人。秦法，不得兼方，不驗，辄死。兼方者，良方也。言秦法規定，方士若不得良方，與雖得良方而不驗者，皆當死罪。“以此觀之，徐巿、盧生等就是坑蒙拐騙之徒，且诽謗始皇，重其不德，坑之與法有憑。

諸生包括方士和儒生等，始皇派人察問在鹹陽的諸生，有妖言以亂黔首者，遂立案偵察審問，諸生相互檢舉揭發，以求自我解脫。諸生犯禁者四百六十餘人，皆坑之鹹陽。

至此可知，其所坑者，大抵方伎之流，與諸生一時議論不合者耳。或曰，不但方士不坑，即儒生，亦不盡坑，坑者，犯禁者耳。

然而，司馬遷《史記》又雲：始皇長子扶蘇谏曰：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶蘇北監蒙恬于上郡。

諸生皆誦法孔子，所言極虛，方士豈誦法孔子？太史公引扶蘇之言，使坑術變成了坑儒，好像始皇惡儒而坑之，殘殺無辜之人。然則，文帝時有伏生，二世時有叔孫通，皆為秦博士；陳勝起，二世召博士諸儒生三十餘人而問其故，皆引《春秋》之義以對；叔孫通降漢時，自有弟子百餘人；《項羽紀》稱高皇帝誅項籍，舉兵圍魯，魯中諸儒，尚講習弦誦，弦歌之音不絕……可知秦未廢儒， “坑儒的記載很可能是出于意識形态的原因在司馬遷死後被匿名者竄入《史記》”。

康有為認為秦始皇是尊孔的，他說：“魏文侯立博士，求六代之樂，即行孔教之第一人，然隻行在一國。秦始皇亦甚尊孔子，立博士二百餘人，二世尚立七十餘人，是行至天下。至漢武帝崇尚經術，立六經于學官，孔教遂定一統，推行日盛，至後漢為極焉。

秦始皇崇尚法家，但并不排斥儒家。秦治世之道以及秦法的一些規定，有不少與儒術暗合之處，如秦簡《為吏之道》、整饬惡俗、提倡孝道。秦始皇對諸生博士，包括儒生還是很重視的，如每臨大事，諸生博士參與廷議，皆可直抒胸臆，然無人因言獲罪，哪怕是激烈言詞。諸生博士也常在始皇身邊，以為顧問，始皇也未嘗因言而罪人。

李開元以為，坑儒是三重僞造的曆史，其第一個版本是收入于《說苑•反質》的曆史故事，第二個版本是《史記•秦始皇本紀》，其定本是《诏定古文尚書序》。焚書坑儒，是一個用真實的焚書和虛假的坑儒巧妙合成的僞史。編造者，是儒家的經師，編造的時間，在東漢初年，編造的目的，在于将儒家的經典擡舉為聖經，将儒生們塑造為殉教的聖徒，為儒學的國教化制造輿論。

張子俠認為，扶蘇因始皇坑儒而進谏，被始皇貶為北上監軍，暴露出坑儒漏洞太多：其一，坑殺之禍距沙丘之變僅兩年，而《李斯列傳》所載趙高僞造的诏書卻說：“今扶蘇與将軍蒙恬将師數十萬以屯邊，十有餘年矣。不能前而進，士卒多耗，無尺寸之功。反數上書直言诽謗我所為，以不得罷歸為太子，日夜怨望。由此可見，早在坑殺事件之前扶蘇就已在上郡監軍，而他勸谏始皇的方式不是面谏，而是‘數上書直言’；其二，秦廷議焚書時，淳于越借古非今，又痛斥周青臣‘面谀以重陛下之過，言辭十分激烈。始皇不僅沒降罪于他，反而‘下其議’。扶蘇身為長子，其谏語又相當委婉，何以勃然秦始皇大怒呢？其三，扶蘇監軍是重任而非貶任。秦王朝的威脅主要來自北方，駐軍上郡，北可防禦匈奴，南可拱衛京師，因此始皇命寵臣蒙恬為将，長子扶蘇為監。蒙恬曾說：‘陛下居外，未立太子，使将三十萬衆守邊，公子為監，此天下重任也。’如果扶蘇勸谏惹惱了秦始皇，盛怒之下卻委以重任，這豈不是咄咄怪事？其四，‘諸生’一詞含義有個曆史演變過程。大體上講，自漢武帝‘罷黜百家，獨尊儒術’之後，‘諸生’便逐漸變成了儒生的泛稱。但秦時則不然，當時的博士學術流派很雜，有儒生博士，也有占夢博士和為仙真人詩的博士。《漢書•藝文志》還提到名家《黃公》四篇，作者‘名疵，唯秦博士’。既然秦朝的博士及其弟子成分如此複雜，怎麼會出現‘諸生皆誦法孔子’的現象呢？由此四點破綻，足證扶蘇谏語和因谏被貶皆不可信。此借文字恐非司馬遷所為，蓋有後好事者為渲染秦始皇殘暴，遂将臆度之辭羼入正文。”

筆者深以為然。蒙恬北戍不足六年，扶蘇監上郡才二年，何來的十有餘年？

公元前215年，秦始皇第四次巡遊，視察了秦王朝北部邊境，其目的是為讨伐匈奴做準備。戰國以來，匈奴和東胡趁内地不斷紛争之際，經常侵擾邊境，秦的北方河套地區被匈奴占領，對秦的後方造成了極大威脅。秦始皇考察北方邊境回來後，立即派将軍蒙恬率兵三十萬伐匈奴，奪回河套以南地區，接着又奪回河套以北陰山一帶地區，設置了三十四個縣，重新設置九原郡。從公元前215年蒙恬率兵伐匈奴至公元前210年秦始皇病死，也不過六年。

始皇三十五年，以諸生為妖言亂黔首，阬犯禁者四百七十餘人。公子扶蘇谏曰：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使公子北監蒙恬軍于上郡。而秦始皇三十七年出遊，病死沙丘。就是說，公子扶蘇北監蒙恬軍于上郡，也就二年左右。

篡改史記，前後矛盾，且硬傷太多。

有人說，我們現在所讀的《史記·秦始皇本紀》，是東漢明帝以後的版本，經過東漢的儒生和正統史家們的添加和篡改，已經不是司馬遷當年寫的樣子。不明白這一點，不但讀不懂書，也永遠讀不懂秦始皇。

秦始皇坑方士，本來是方士們編造的假故事，編造的時間在西漢初年，被司馬遷寫進了《史記》。到了東漢初年，儒家的經師們将焚書改造成了焚經書，将坑方士改造成了坑儒生，而且私下裡做了手腳，将《史記》的相關記載按照自己的意圖作了相應的修改。

從此以後，坑儒的謊言變成曆史，焚書坑儒這個真假參半的合成詞，變成一種文化符号。這個文化符号，借譴責專制暴君、譴責文化暴行之名，将儒家經典擡舉為聖經，将儒生擡舉為殉教的聖徒。因為這個文化符号，秦始皇背了兩千年的黑鍋。

考古專家段清波不僅否認秦始皇“坑儒”，也否認秦始皇是“焚書”的始作俑者，或許秦始皇時根本沒有發生集中焚書事件。他說：《韓非子·和氏》記載，早在商鞅變法的時候，就曾頒布“焚詩書”令。可見焚書之事在秦國并不是自秦始皇開始才有的現象，但為什麼這個黑鍋偏偏被秦始皇背了？其實，“焚書坑儒”故事在漢初并沒有流行，最初僅僅是焚書，并沒有坑儒，文獻說的也是坑殺術士。出現坑儒的橋段，是在西漢後期、漢武帝罷黜百家、獨尊儒術後。獨尊儒術，使得以儒學行事的書生有意地将原來簡單的故事複雜化、悲情化。據漢初文獻記載，學者們認為并沒有證據表明曾經發生過“坑儒”事件，被坑殺的是那些蠱惑人心的四百六十個術士，而不是儒生。

不僅如此，一些史書生搬硬造的痕迹更為明顯。衛宏《诏定古文尚書序》說：秦既焚書，恐天下不從所改更法，而諸生到者拜為郎，前後700人，乃密種瓜于骊山陵谷中溫處，瓜實成，诏博士諸生說之，人言不同，乃令就視。為伏機，諸生賢儒皆至焉，方相難不決，因發機，從上填之以土。皆壓，終乃無聲也。把“焚書”與“坑儒”勾連在一起，把“坑儒”460人升至700人，很明顯是為了放大秦始皇的暴君形象。

可能覺得秦始皇坑儒700人，仍不能反映秦始皇之殘暴，《文獻通考》又接着司馬遷《史記》往下說：始皇使禦史案問諸生，轉相告引，至殺460人。又令冬種瓜骊山，實生，命博士諸生就視。為伏機，殺700餘人。二世時，又以陳勝起，召博士諸生議，坐以非所宜言者，又數十人。什麼伏機，什麼冬種瓜，都是文學想象，目的隻有一個：抹黑秦始皇。

王恢說：如史所稱，被坑者乃諸诽謗始皇及妖言以惑亂黔首之方士，非儒者。今愚民欺世之神棍充斥，腐蝕進化心靈，安得始皇其人而盡坑之！