有些正常的男性雖然他們的睾丸發育正常，但他們的陰莖卻比較短小，雖然也能夠勃起和射精，但常常會造成性心理上的異常，甚至于懷疑自己的性能力，在我國雖然還沒有對這些短小陰莖者在男性中所占的比例進行過科學的統計，但從日常生活中所遇到的情況來看，這類病人的确還不算少。國外的性醫學專家的研究表明，男性的陰莖短小主要與下列因素有關：
1、遺傳因素
陰莖與身體其它器官一樣，其大小及形态特點要受遺傳基因的控制與影響。
2、發育與營養狀況
一般來說，成年男性體格健壯，身材高大，其外生殖器包括陰莖、陰囊的發育也較好，陰莖可能較為粗大，反之則可能小一些，但是值得指出的是，陰莖的大小不會與身高成正比例，常可以見到一些身高不足1。60米的男性，其陰莖勃起時可以達到18厘米以上。
3、肥胖
一些小腹部、恥骨聯合部、會陰部脂肪豐滿突出的男性，往往陰莖的發育欠佳，比起正常男性的陰莖會相對短小。的确，與肥大的身體相比，這種短小的陰莖在婚後可能會給性生活帶來一定的困難和不理想。
4、其它方面
如内分泌紊亂，男性激素水平不足，陰睾或陰囊腫脹産生的陰莖回縮等，都可能造成陰莖短小。
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