長效避孕針出現的副作用大體與口服藥相同，也有少數人會出現皮疹，可服抗過敏藥物，或者停藥。
常用的避孕針l号和複方甲地孕酮避孕針，于月經第5天，肌肉注射2支；或是月經第5天肌肉注射1支，第12天再肌肉注射1支。以後每個月的月經第10到12天注射1支即可。如果注射後未來月經，相隔28天注射一次。
炔諾酮庚酸酯，每2個月注射l毫升，此藥不含雌激素，比較安全，副作用在用藥3個月後顯著減輕，是一種較好的避孕藥物。
長效口服避孕藥的避孕效果好，使用很方便，但是由于其用藥劑量稍大些，故可産生一些副反應，類似早孕反應。多于服藥後10小時左右出現惡心、頭暈、胃部不适等感覺。輕者可以不予處理，經過一段時間即可自然消失。
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