導緻真正小陰莖的病因包括：
(1)部分性抗雄激素綜合征，即陰莖對雄激素不敏感，患者體内睾酮水平正常，但第二性征異常，甚至可能有尿道下裂。
(2)低促性腺激素性腺功能低下症，這是因為下丘腦和垂體有病變，不能向下發出分泌睾酮指令。
(3)病變原發于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，這時下丘腦和垂體正常，能發出強有力的指令，但睾丸有病，無法執行生産性激素和精子的命令。
(4)特發性小陰莖，原因至今不明。
讓我們再回到前面那位婦女，由于她在婚後9個月左右懷孕，并平安地生下一個兒子，說明她丈夫的性功能正常，決不會存在内分泌等問題，其陰莖顯然屬于正常範圍。對于這種正常的生理差異完全不必憂心忡忡，至于女性性滿足和雙方的性和諧問題主要是性知識和性技巧貧乏等因素造成的，與陰莖大小無關。
順便提一下，陰莖長度的測量方法很重要，一是測疲軟狀态，二是測勃起狀态時的變化。測量時室溫宜25°C左右，待心情平靜并适當休息之後，用手把陰莖擡平，用硬尺的一端稍用力頂住恥骨聯合部，盡量壓縮皮下脂肪層，另一端以陰莖龜頭尿道外口為基準，所讀出的數字即為陰莖常态下的長度。再用皮尺在離冠狀緣1厘米的陰莖幹部測其周徑。由于病人緊張或不适應診室的環境，他們在醫生面前多不能勃起，故常用陰莖的牽拉長度取代勃起長度。
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