包括藥物選擇和用藥方法不當。例如使用了耐藥藥物，如用青黴素治療淋病，或不恰當藥物，如用壯觀黴素治療非淋菌性尿道炎，或未使用長效青黴素治療梅毒等。
為何有的人得了淋病、非淋菌性尿道炎後1～2年，還總是不覺得好呢？主要原因有：
治療不當
包括藥物選擇和用藥方法不當。例如使用了耐藥藥物，如用青黴素治療淋病，或不恰當藥物，如用壯觀黴素治療非淋菌性尿道炎，或未使用長效青黴素治療梅毒等。
配偶/性伴未及時治療
造成雙方反複感染，也就是常說的“兵乓球式感染”。
未遵醫囑用藥
自行減藥、停藥或更換藥物，酗酒、進食辛辣食物、不節房事等。
有合并感染
例如淋病合并衣原體、支原體感染，某些細菌感染發生非特異性尿道炎等。
局部抵抗力下降導緻前列腺炎、附睾炎、盆腔炎
由于治療不及時、不徹底，加上機體抵抗力下降可使感染蔓延，引起前列腺炎、附睾炎、盆腔炎等疾患。
尿道黏膜炎症性損害
如水腫、增生尚未恢複，或局部神經受牽拉出現症狀，總覺局部不适。
心理負擔過重
多見于反複發作的淋病和非淋菌性尿道炎患者，心理負擔較重，有一定文化，自己查書，了解不少專業知識，越查書越緊張，整天顧慮重重，即使已經治愈，還覺得有各種各樣的不适感，如腰酸背痛、下腹隐痛、會陰墜脹、陰囊抽痛、大腿潮濕、皮膚瘙癢、頭昏無力及關節疼痛等。症狀時有時無，時輕時重，但醫生檢查并無明顯體征，各項化驗也正常。引起這種情況的原因，可能是患者因為得病後的精神緊張使植物神經功能失調，或炎症後的恢複過程，或者對某種物質過敏等，并不是疾病沒有治好。如果經過多次體格檢查及化驗檢查均正常，就不必耽心，适當轉移注意力，加強營養與鍛煉，或服用一些中藥調理一下，會慢慢好起來的。
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