淋病按病程可分為：急性淋病，病期在2個月内，炎症明顯，易于發現。慢性淋病，病期在2個月以上者，淋病症狀較輕，病竈多限于泌尿生殖系統粘膜。潛伏淋病，即不發生臨床症狀者，而淋球菌潛伏于尿道腺、子宮頸、前列腺、精囊、輸卵管等處，當飲酒、性生活過度或分娩時，淋菌即可活動而引起淋病的症狀。
一般淋病的潛伏期可分為三個階段，第一階段：侵入尿道，需36小時方能深入粘膜下層開始生長；第二階段：發育階段，淋病雙球菌侵入機體約36小時内完成一個生活周期；第三階段：排毒階段，部分淋病雙球菌死亡後，排出内毒素，從而引起組織對毒素的反應，開始出現臨床症狀。
一般說，臨床症狀在感染後72小時之後發生，由于機體抵抗力強、淋病雙球菌繁殖速度慢及其緻病力弱、日常用藥影響、病人反應及耐受狀況等原因，淋病雙球菌在人體内雖已寄生、繁殖緻病，但沒有主觀和客觀體征和臨床症狀。
感染可累及尿道、子宮頸、直腸、咽部。據報導，對無症狀淋病病人進行尿道和子宮頸取材培養檢查，淋病雙球菌檢出率男性達78%，女性為57%，平均為69%，無症狀型者可遷延多年或終生無症狀。但若身體虛弱、抵抗力差、性生活過度，酗酒等困素可縮短潛伏期，故淋病的潛伏期為2—10天，平均為3—5天。
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