在清初一、二年内的動亂中，三個分别自稱是太子、定王、永王的人都已一命嗚呼，崇祯的後代幾乎被斬盡殺絕。但是，出乎意料的是，在以後的近百年間，自稱是朱氏太子的人層出不窮，剛鎮壓了一個，又冒出了另一個。直搞得清朝統治者如芒刺在背，坐卧不安。

順治十二年，揚州抓住了一個叫朱周錤的人，他曾自稱是朱三公子，在蘇北組織反清活動。第二年，在直隸平山又出了一個朱慈焞，說是崇祯的兒子，策劃在正定（今河北保定西南）舉義反清，因事機不密，旋即被拿獲。

到了康熙十二年，三藩叛亂爆發。康熙帝調兵遣将，全力以赴平叛。誰知道就在他朝夕出沒的皇宮附近，一個自稱朱三太子的人正悄悄地組織一場叛亂。此人據說本名叫楊起隆。他暗中潛入北京後，在鼓樓西街周全斌（明朝時的将領，後降清）家落腳，然後以滿族官員家中的奴仆為争取對象開展工作。

這些奴仆大多數是漢族人在戰争中遭擄掠而陷身為奴的，所以力量很快就聚集起來。就在楊起隆尋找舉義機會時，正巧遇上三藩叛亂，京師中的清軍大多開赴前線。他十分高興，認為是天賜良機，于是私下建元為廣德，封了一批親王、護駕指揮、軍師和提督等官職，約定以頭裹白布、身披紅布為标志，在元旦（即正月初一日）這一天，趁清廷大小官員都在慶賀節日、放松戎備之機，于京城内外一齊放火舉義。

就在約定日期将要來臨之際，周全斌的兒子周公直害怕了。他想，舉義若不成功，将遭受滅門之災，不如乘機反正，将功補過還為時不晚。于是，他私下到正黃旗漢軍都統祖永烈那裡告密。康熙帝知道這一密謀後，極為震驚，立即令滿族都統圖海帶領人馬捉拿案犯。共捕獲首要分子二百多人，全部誅殺。唯有楊起隆僥幸逃脫。

首犯在逃，清朝統治者豈能安心，很快就畫下圖形在全國通緝。隔了幾年，四川報告說，楊起隆正冒充朱三太子密謀在陝西造反，因事機洩露。已被抓獲。朝廷的文武百官聞訊都很高興，很快就将其押到北京審訊。結果這楊起隆的招供前言不搭後語，再仔細一看，那面部還有刺字疤痕，顯然系旗下的奴仆。原來此人當初跟着楊起隆造反，事敗後逃到民間，不但借用楊起隆的名義，還冒充朱三太子。費了很大的勁，捉到的一個仍然是假的。

楊起隆一案似乎成了一個信号。在以後的一些年裡，各地接二連三地出現朱三太子造反的案件。康熙帝的方針是捉住就格殺勿論。康熙十八年，正在平定三藩叛亂前線作戰的安親王嶽樂抓到了一個自稱是崇祯太子朱慈燦的人。他把這一喜訊上奏康熙帝。康熙帝下谕說：“朕曾經向崇祯時的一些太監了解朱慈燦的情況，他們說甲申年間慈燦的年齡很小，不可能逃得性命。既然如此，怎麼能活到今天呢。這個朱慈燦大概也是假的吧。”冒充朱三太子的人多了，假作真來真亦假，康熙帝的一個“大概”，就斷送了也許是真的朱慈燦的性命。

在康熙朝衆多的朱三太子案中，比較重要的還有康熙四十七年浙江大岚山和太湖念一和尚兩起借朱三太子名義發起的抗清鬥争，康熙末年台灣發生的朱一貴起義。直到雍正年間，雍正帝還透露有冒稱朱三太子起事的。他說：“康熙年間，各地奸徒竊發，動辄以朱三太子為名，如念一和尚、朱一貴等人，指不勝屈。最近還有一個山東人張玉假托朱明的後裔，蠱惑愚民，現在正被步軍統領拿獲究問。”

這麼多朱三太子造反，是否全是三太子，當然不會；有沒有真的朱三太子，這就說不定了。據說康熙四十七年江南的兩次反清鬥争，牽連到一個叫張用觀的，是真的朱三太子。